В «Царстве Света» Зарастро правит, как и прежде. Тамино и Памина женаты и у них есть сын Пиктор.
Папагено и Папагена также живут как пара и обожают своих многочисленных детей, включая дочь Ранду, преданную Пиктору. После изгнания из «Царства Света» Моностатос нашёл убежище в «Царстве Тьмы» у Царицы Ночи, которая выбрала его своим мужем. Королева всё ещё скорбит о поражении, понесённом от рук Зарастро и его спутников, и замышляет ужасную месть.
Акт 1
Нострана, Царица Ночи, и её муж Моностатос планируют отомстить Зарастро и захватить власть в Царстве Света. Они призывают на помощь Лабигорда – владыку подземного лабиринта. Наполовину человек, наполовину животное, он воплощает в себе как живую природу, так и подсознание. Зарастро оставляет пост верховного жреца в Царстве Света, чтобы отправиться на Восток безымянным паломником. Он назначает своим преемником сопротивляющегося Тамино. Пиктор и Ранда только начинают открывать для себя любовь во всей своей невинности. Они продвинулись в духовном развитии дальше, чем в эротическом, и испытывают глубокую эмоциональную связь. Три дамы из «Волшебной флейты» оказываются матерями-одиночками трёх мальчиков. Папагено, ныне министр окружающей среды и охраны природы, пытается научить их трём основам природы и магии. Однако идеи Папагено кажутся троим мальчикам совершенно устаревшими. После встречи Пиктора и Ранды Пиктор бесследно исчезает. Тамино и Памина сразу же подозревают, что за этим исчезновением стоит Царица Ночи, и решают освободить её сына. Неуверенный в себе Тамино очень скучает по сильной руке Зарастро, но Памина снова берёт инициативу в свои руки. В грандиозном финале первого акта Тамино и Памино отправляются на поиски Пиктора.
Второй акт
Папагено должен управлять Царством Света в качестве заместителя Тамино в его отсутствие. Он тут же разрабатывает масштабные реформы, но отказывается от них, потому что они требуют слишком много работы. Папагена уверяет его в своей любви. Как и в «Волшебной флейте», в этом мире вы найдете удовлетворение: вожделение и любовь.
Моностатос передает плененного Пиктора двум стражам лабиринта, которые ведут его в Лабигорд, по пути, из которого нет возврата. Рядом с лабиринтом их ждет Царица Ночи, открывающая свое имя: Нострана. Вместе с Моностатосом они наблюдают за своей приманкой.
Тамино и Памина добираются до лабиринта. Несмотря на все предупреждения двух стражей, они входят туда, чтобы спасти сына.
Ранда входит в лабиринт с другой стороны. Зарастро, вернувшийся с Востока, появляется, но Ранда его не узнаёт. Трое юношей, также отправившихся в путь, должны оставаться в том же положении: с этой стороны лабиринта нет входа. Они пытаются создать проход, используя детские фокусы. После неудачных попыток Зарастро открывает потайную дверь в стене.
В лабиринте героям предстоит справиться с задачей современности: подсознание возникает рядом с сознанием. Тамино и Памина по-прежнему подходят к лабиринту исключительно с рациональной стороны, со стороны врат. Только Ранда, как возлюбленная, Зарастро, как посвящённый мастер, и трое юношей в своей невинности способны войти в лабиринт со стороны бессознательного.
Лабигорд находится с Пиктором в центре лабиринта. Нострана солгала ему, и он хочет убить его, чтобы спасти от жестокой участи. Он верит, что освобождает мальчика от тяжелых страданий и напевает песню Пиктора, погружая его в вечный сон.
Но Ранда в одиночку бродит по лабиринту в поисках своего Пиктора.
Тамино и Памина целенаправленно добираются до центра и встречают Лабигорда, который скорбно наблюдает за их мёртвым сыном Пиктором. Используя старые инструменты из «Волшебной флейты» – флейту и металлофон – они пытаются оживить его, но безуспешно; на этом уровне они бесполезны.
Но Ранда интуитивно ведёт трёх юношей и всё ещё не узнанного Зарастро к центру. Ранда бросается на своего мёртвого возлюбленного. Лабигорд понимает в словах Зарастро, что его обманули и оскорбили.
Теперь Зарастро просит Ранду помочь ему оживить Пиктора; только вместе, объединив их качества, они могут вернуть его к жизни: Зарастро символизирует мудрость, учителя и мастера, традицию, мужское начало. Ранда символизирует красоту, спутницу, настоящее, женское начало. Только из обоих начал рождается сила, необходимая для овладения жизнью, рождается будущее; только вместе эти составляющие могут пробудить Пиктора. Пиктор пробуждается. Вместе они покидают центр лабиринта через великое зеркало самопознания.
Финальная сцена объединяет всех персонажей в царстве света. Нострана, Царица Ночи, раскрывает свои мотивы: она бывшая жена Зарастро, а Памина — их дочь. Царица Ночи воплощает архаичную богиню-мать, дарующую и отнимающую жизнь, олицетворяющую тьму.
Зарастро осуждает злодеяния Ностраны и Моностатоса. Но поскольку они искренне любят друг друга, он смягчает наказание: словно сплетённое дерево, они могут остаться вместе навсегда.
Финальные сцены посвящены любви: опера завершается репризой любовного дуэта Пиктора и Ранды и хором.