En el «Reino de la Luz», Sarastro reina como antaño. Tamino y Pamina están casados y tienen un hijo, Pictor.
Papageno y Papagena también viven en pareja y adoran a su numerosa prole, incluyendo a su hija Randa, quien es devota de Pictor. Tras su destierro del «Reino de la Luz», Monostatos encontró refugio en el «Reino de la Oscuridad» con la Reina de la Noche, quien lo eligió como esposo. La reina aún lamenta la derrota sufrida a manos de Sarastro y sus compañeros y planea una terrible venganza.
Acto 1
Nostrana, la Reina de la Noche, y su esposo Monostatos planean vengarse de Sarastro y tomar el control del Reino de la Luz. Invocan la ayuda de Labygord, el señor del laberinto subterráneo. Mitad humano, mitad animal, encarna tanto la naturaleza animada como el subconsciente. Sarastro renuncia a su cargo de sumo sacerdote del Reino de la Luz para viajar a Oriente como peregrino anónimo. Nombra al reticente Tamino como su sucesor. Piktor y Randa apenas comienzan a descubrir el amor en toda su inocencia. Su desarrollo espiritual es más avanzado que el erótico y están profundamente conectados emocionalmente. Las tres damas de La Flauta Mágica se revelan como las madres solteras de los tres niños. Papageno, ahora Ministro de Medio Ambiente y Conservación de la Naturaleza, intenta enseñarles los tres principios básicos de la naturaleza y la magia. Sin embargo, los tres niños consideran las ideas de Papageno completamente anticuadas. Tras una reunión entre Piktor y Randa, Piktor desaparece sin dejar rastro. Tamino y Pamina sospechan inmediatamente que la Reina de la Noche está detrás de esta desaparición y deciden liberar a su hijo. Tamino, inseguro, echa mucho de menos la mano fuerte de Sarastro, pero Pamina toma la iniciativa, una vez más. En el gran final del Acto 1, Tamino y Pamino parten en busca de Piktor. Acto 2
Papageno administrará el Reino de la Luz como lugarteniente de Tamino en su ausencia. Inmediatamente idea reformas integrales, pero abandona estos planes porque implican demasiado trabajo. Papagena le asegura su amor. Como en La Flauta Mágica, encontrarás la plenitud en este mundo: lujuria y amor.
Monóstatos entrega al prisionero Piktor a los dos guardianes del laberinto, quienes lo conducen al interior de Labygord, por un camino sin retorno. Cerca del laberinto, la Reina de la Noche aguarda, revelando su nombre: Nostrana. Junto con Monostatos, observan su cebo.
Tamino y Pamina llegan al laberinto. A pesar de todas las advertencias de los dos guardianes, entran para salvar a su hijo.
Randa entra al laberinto por el otro lado. Sarastro, quien ya ha regresado de Oriente, llega, pero Randa no lo reconoce. Los tres chicos, que también han emprendido el viaje, deben permanecer como el grupo: el laberinto no tiene entrada por este lado. Intentan crear un pasaje con trucos de magia infantiles. Tras sus intentos fallidos, Sarastro abre una puerta oculta en la pared.
En el laberinto, los protagonistas deben dominar la tarea de la modernidad: el subconsciente emerge junto con la conciencia. Tamino y Pamina aún se acercan al laberinto puramente desde el lado racional, el lado de la puerta. Solo Randa, como amante, Sarastro, como maestro iniciado, y los tres chicos, en su inocencia, logran entrar al laberinto desde el lado inconsciente.
Labygord está con Piktor en el centro del laberinto. Debido a que Nostrana le mintió, quiere matarlo para salvarlo de un destino cruel. Cree que está liberando al niño de un gran sufrimiento y canta a Piktor para que duerma eternamente.
Pero Randa deambula sola por el laberinto en busca de su Piktor.
Tamino y Pamina llegan al centro con determinación y se encuentran con Labygord, quien observa con tristeza junto a su hijo muerto, Piktor. Usando las viejas herramientas de La flauta mágica, la flauta y el carillón, intentan revivirlo, pero fracasan; en este nivel, son inútiles.
Pero Randa intuitivamente guía a los tres chicos y al aún desconocido Sarastro hasta el centro. Randa se lanza sobre su amante muerto. Labygord reconoce en las palabras de Sarastro que ha sido engañado y abusado.
Ahora Sarastro le pide a Randa que lo ayude a revivir a Piktor; solo juntos, combinando sus cualidades, podrán devolverle la vida: Sarastro simboliza la sabiduría, el maestro y el maestro, la tradición, el principio masculino. Randa simboliza la belleza, la compañera, el presente, el principio femenino. Solo de ambos principios crece la fuerza para dominar la vida, emerge el futuro; Solo la unión de ambos componentes puede despertar a Piktor. Piktor despierta. Juntos abandonan el centro del laberinto a través del gran espejo del autoconocimiento.
La escena final une a todos los personajes en el reino de la luz. Nostrana, la Reina de la Noche, revela sus motivos: es la exesposa de Sarastro y Pamina, su hija. La Reina de la Noche encarna a la diosa madre arcaica que da y quita la vida y representa la oscuridad. Sarastro condena las fechorías de Nostrana y Monostatos. Pero, como ambos se aman de verdad, mitiga el castigo: como un árbol entrelazado, pueden permanecer unidos para siempre.
Las escenas finales son de amor: la ópera termina con una repetición del dueto amoroso entre Piktor y Randa y un coro.