Nel “Regno della Luce”, Sarastro regna come un tempo. Tamino e Pamina sono sposati e hanno un figlio, Pictor.
Anche Papageno e Papagena vivono in coppia e adorano la loro numerosa prole, tra cui la figlia Randa, devota a Pictor. Dopo il suo esilio dal “Regno della Luce”, Monostatos trovò rifugio nel “Regno delle Tenebre” presso la Regina della Notte, che lo scelse come marito. La regina è ancora addolorata per la sconfitta subita per mano di Sarastro e dei suoi compagni e trama una terribile vendetta.
Atto 1
Nostrana, la Regina della Notte, e suo marito Monostatos progettano di vendicarsi di Sarastro e di prendere il controllo del Regno della Luce. Invocano l’aiuto di Labygord, il signore del labirinto sotterraneo. Metà umano, metà animale, incarna sia la natura animata che il subconscio. Sarastro si dimette dal suo incarico di sommo sacerdote nel Regno della Luce per recarsi in Oriente come pellegrino senza nome. Nomina il riluttante Tamino come suo successore. Piktor e Randa stanno appena iniziando a scoprire l’amore in tutta la loro innocenza. Sono più avanti nello sviluppo spirituale che in quello erotico e sono profondamente legati emotivamente. Le tre donne del Flauto Magico si rivelano essere le madri single dei tre ragazzi. Papageno, ora Ministro dell’Ambiente e della Tutela della Natura, cerca di insegnare i tre principi fondamentali della natura e della magia. Tuttavia, i tre ragazzi trovano le idee di Papageno completamente fuori moda. Dopo un incontro tra Piktor e Randa, Piktor scompare senza lasciare traccia. Tamino e Pamina sospettano immediatamente che dietro questa scomparsa ci sia la Regina della Notte e decidono di liberare suo figlio. L’insicuro Tamino sente profondamente la mancanza della mano forte di Sarastro, ma Pamina prende l’iniziativa, ancora una volta. Nel gran finale del primo atto, Tamino e Pamino partono alla ricerca di Piktor.
Atto secondo
Papageno deve amministrare il Regno della Luce come vice di Tamino in sua assenza. Escogita subito riforme radicali, ma abbandona questi piani perché richiedono troppo lavoro. Papagena gli assicura il suo amore. Come ne Il flauto magico, in questo mondo troverai appagamento: desiderio e amore.
Monostatos consegna Piktor imprigionato ai due guardiani del labirinto, che lo conducono all’interno di Labygord, su una via senza ritorno. Vicino al labirinto, la Regina della Notte attende, rivelando il suo nome: Nostrana. Insieme a Monostatos, osservano la loro esca.
Tamino e Pamina raggiungono il labirinto. Nonostante tutti gli avvertimenti dei due guardiani, vi entrano per salvare il figlio.
Randa entra nel labirinto dall’altra parte. Sarastro, che nel frattempo è tornato dall’Oriente, arriva, ma non viene riconosciuto da Randa. I tre ragazzi, che si sono messi in viaggio anche loro, devono rimanere come il gruppo: il labirinto non ha ingressi da questo lato. Tentano di creare un passaggio usando trucchi di magia infantili. Dopo i loro tentativi falliti, Sarastro apre una porta nascosta nel muro.
Nel labirinto, i protagonisti devono padroneggiare il compito della modernità: il subconscio emerge accanto al conscio. Tamino e Pamina si avvicinano ancora al labirinto puramente dal lato razionale, dal lato della porta. Solo Randa, in qualità di amante, Sarastro, in qualità di maestro iniziato, e i tre ragazzi nella loro innocenza riescono a entrare nel labirinto dal lato inconscio.
Labygord è con Piktor al centro del labirinto. Poiché Nostrana gli ha mentito, vuole ucciderlo per salvarlo da un destino crudele. Crede di liberare il ragazzo da grandi sofferenze e canta a Piktor per condurlo al sonno eterno.
Ma Randa, da sola, vaga per il labirinto alla ricerca del suo Piktor.
Tamino e Pamina raggiungono deliberatamente il centro e incontrano Labygord, che veglia tristemente accanto al figlio morto Piktor. Usando i vecchi strumenti del Flauto Magico, il flauto e il glockenspiel, tentano di rianimarlo, ma falliscono; a questo livello, sono inutili.
Ma Randa, intuitivamente, guida i tre ragazzi e Sarastro, ancora non riconosciuto, al centro. Randa si scaglia contro il suo amante morto. Labygord riconosce dalle parole di Sarastro di essere stato ingannato e abusato.
Ora Sarastro chiede a Randa di aiutarlo a rianimare Piktor; solo insieme, unendo le loro qualità, potranno riportarlo in vita: Sarastro simboleggia la saggezza, il maestro e la tradizione, il principio maschile. Randa simboleggia la bellezza, la compagna, il presente, il principio femminile. Solo da entrambi i principi cresce la forza di dominare la vita, emerge il futuro; solo entrambe le componenti insieme possono risvegliare Piktor. Piktor si risveglia. Insieme lasciano il centro del labirinto attraverso il grande specchio della conoscenza di sé.
La scena finale unisce tutti i personaggi nel regno della luce. Nostrana, la Regina della Notte, rivela le sue motivazioni: è l’ex moglie di Sarastro, Pamina, la loro figlia. La Regina della Notte incarna l’arcaica dea madre che dà e toglie la vita e rappresenta l’oscurità. Sarastro condanna le malefatte di Nostrana e Monostato. Ma poiché i due si amano veramente, mitiga la punizione: come un albero intrecciato, possono rimanere uniti per sempre.
Le scene finali appartengono all’amore: l’opera si conclude con una ripresa del duetto d’amore tra Piktor e Randa e un coro.