Dans le « Royaume de la Lumière », Sarastro règne comme autrefois. Tamino et Pamina sont mariés et ont un fils, Pictor.
Papageno et Papagena vivent également en couple et adorent leur nombreuse progéniture, dont leur fille Randa, dévouée à Pictor. Après son bannissement du « Royaume de la Lumière », Monostatos trouva refuge dans le « Royaume des Ténèbres » auprès de la Reine de la Nuit, qui le choisit comme époux. La reine, encore affligée par la défaite subie face à Sarastro et ses compagnons, complote une terrible vengeance.
Acte 1
Nostrana, la Reine de la Nuit, et son mari Monostatos projettent de se venger de Sarastro et de prendre le contrôle du Royaume de la Lumière. Ils font appel à Labygord, le seigneur du labyrinthe souterrain. Mi-humain, mi-animal, il incarne à la fois la nature animée et le subconscient. Sarastro démissionne de son poste de grand prêtre du Royaume de Lumière pour se rendre en Orient en pèlerin anonyme. Il nomme Tamino, réticent, comme successeur. Piktor et Randa commencent tout juste à découvrir l’amour dans toute son innocence. Leur développement spirituel est plus avancé que leur développement érotique et ils sont profondément liés émotionnellement. Les trois dames de La Flûte enchantée se révèlent être les mères célibataires des trois garçons. Papageno, désormais ministre de l’Environnement et de la Protection de la Nature, tente de leur enseigner les trois principes fondamentaux de la nature et de la magie. Cependant, les trois garçons trouvent les idées de Papageno complètement dépassées. Après une rencontre entre Piktor et Randa, Piktor disparaît sans laisser de trace. Tamino et Pamina soupçonnent immédiatement la Reine de la Nuit d’être derrière cette disparition et décident de libérer son fils. Tamino, peu sûr de lui, regrette cruellement la main ferme de Sarastro, mais Pamina prend l’initiative – une fois de plus. Dans le grand final de l’acte 1, Tamino et Pamino partent à la recherche de Piktor.
Acte 2
Papageno doit administrer le Royaume de Lumière en tant qu’adjoint de Tamino en son absence. Il élabore immédiatement des réformes d’envergure, mais abandonne ces projets, trop chargés. Papagena l’assure de son amour. Comme dans La Flûte enchantée, vous trouverez l’épanouissement dans ce monde : la luxure et l’amour.
Monostatos remet Piktor, emprisonné, aux deux gardiens du labyrinthe, qui le conduisent à l’intérieur, à Labygord, sur un chemin sans retour. Près du labyrinthe, la Reine de la Nuit l’attend, révélant son nom : Nostrana. Avec Monostatos, ils observent leur appât.
Tamino et Pamina atteignent le labyrinthe. Malgré tous les avertissements des deux gardiens, ils y pénètrent pour sauver leur fils.
Randa pénètre dans le labyrinthe par l’autre côté. Sarastro, revenu d’Orient, arrive, mais Randa ne le reconnaît pas. Les trois garçons, qui ont également entrepris le voyage, doivent rester comme le groupe : le labyrinthe n’a pas d’entrée de ce côté. Ils tentent de créer un passage grâce à des tours de magie enfantins. Après leurs tentatives infructueuses, Sarastro ouvre une porte cachée dans le mur.
Dans le labyrinthe, les protagonistes doivent maîtriser la modernité : le subconscient émerge aux côtés du conscient. Tamino et Pamina abordent toujours le labyrinthe par le côté purement rationnel, le côté de la porte. Seuls Randa, l’amante, Sarastro, le maître initié, et les trois garçons, dans leur innocence, parviennent à pénétrer dans le labyrinthe par le côté inconscient.
Labygord est avec Piktor au centre du labyrinthe. Parce que Nostrana lui a menti, il veut le tuer pour le sauver d’un destin cruel. Il croit libérer le garçon d’une grande souffrance et chante Piktor jusqu’au sommeil éternel.
Mais Randa erre seule dans le labyrinthe à la recherche de son Piktor.
Tamino et Pamina atteignent délibérément le centre et rencontrent Labygord, qui veille tristement aux côtés de leur fils Piktor, décédé. Utilisant les anciens instruments de La Flûte enchantée, la flûte et le glockenspiel, ils tentent de le ranimer, mais échouent ; à ce niveau, ils sont inutiles.
Mais Randa guide intuitivement les trois garçons et Sarastro, toujours inconnu, vers le centre. Randa se jette sur son amant mort. Labygord reconnaît dans les paroles de Sarastro qu’il a été trompé et abusé.
Sarastro demande alors à Randa de l’aider à ranimer Piktor ; ce n’est qu’ensemble, en combinant leurs qualités, qu’ils pourront le ramener à la vie : Sarastro symbolise la sagesse, le maître et l’enseignant, la tradition, le principe masculin. Randa symbolise la beauté, la compagne, le présent, le principe féminin. C’est seulement de ces deux principes que naît la force de maîtriser la vie, que naît l’avenir ; Seuls les deux éléments réunis peuvent réveiller Piktor. Piktor s’éveille. Ensemble, ils quittent le centre du labyrinthe à travers le grand miroir de la connaissance de soi.
La scène finale réunit tous les personnages dans le royaume de la lumière. Nostrana, la Reine de la Nuit, révèle ses motivations : elle est l’ancienne épouse de Sarastro, Pamina leur fille. La Reine de la Nuit incarne la déesse mère archaïque qui donne et reprend la vie et représente les ténèbres. Sarastro condamne les méfaits de Nostrana et Monostatos. Mais parce qu’ils s’aiment sincèrement, il atténue le châtiment : tels un arbre entrelacé, ils peuvent rester unis à jamais.
Les scènes finales sont consacrées à l’amour : l’opéra se termine par une reprise du duo d’amour entre Piktor et Randa et un chœur.