In het “Rijk van het Licht” heerst Sarastro zoals hij dat vroeger deed. Tamino en Pamina zijn getrouwd en hebben een zoon, Pictor.
Papageno en Papagena leven ook samen en zijn dol op hun grote groep kinderen, waaronder hun dochter Randa, die Pictor toegewijd is. Na zijn verbanning uit het “Rijk van het Licht” vond Monostatos zijn toevlucht in het “Rijk van de Duisternis” bij de Koningin van de Nacht, die hem als haar echtgenoot koos. De koningin rouwt nog steeds om de nederlaag die ze door Sarastro en zijn metgezellen heeft geleden en smeedt een vreselijke wraakactie.
Eerste akte
Nostrana, de Koningin van de Nacht, en haar echtgenoot Monostatos zijn van plan wraak te nemen op Sarastro en de macht over het Rijk van het Licht te grijpen. Ze roepen de hulp in van Labygord – de heer van het ondergrondse labyrint. Half mens, half dier, belichaamt hij zowel de levende natuur als het onderbewustzijn. Sarastro legt zijn ambt als hogepriester in het Koninkrijk van het Licht neer om als naamloze pelgrim naar het Oosten te reizen. Hij benoemt de onwillige Tamino tot zijn opvolger. Piktor en Randa beginnen nog maar net de liefde te ontdekken in al hun onschuld. Ze zijn verder in hun spirituele ontwikkeling dan in hun erotische ontwikkeling en zijn emotioneel diep met elkaar verbonden. De drie dames uit Die Zauberflöte onthullen zich als de alleenstaande moeders van de drie jongens. Papageno, inmiddels minister van Milieu en Natuurbehoud, probeert de drie basisprincipes van natuur en magie bij te brengen. De drie jongens vinden Papageno’s ideeën echter ronduit ouderwets. Na een ontmoeting tussen Piktor en Randa verdwijnt Piktor spoorloos. Tamino en Pamina vermoeden meteen dat de Koningin van de Nacht achter deze verdwijning zit en besluiten haar zoon te bevrijden. De onzekere Tamino mist Sarastro’s sterke hand enorm, maar Pamina neemt opnieuw het initiatief. In de grote finale van de eerste akte gaan Tamino en Pamino op zoek naar Piktor.
Tweede Akte
Papageno moet het Koninkrijk van het Licht besturen als Tamino’s plaatsvervanger tijdens zijn afwezigheid. Hij bedenkt onmiddellijk ingrijpende hervormingen, maar laat deze plannen varen omdat ze te veel werk met zich meebrengen. Papagena verzekert hem van haar liefde. Net als in De Toverfluit zul je in deze wereld vervulling vinden: lust en liefde.
Monostatos levert de gevangengenomen Piktor uit aan de twee bewakers van het labyrint, die hem naar binnen leiden, naar Labygord, op een pad zonder terugkeer. Vlakbij het labyrint wacht de Koningin van de Nacht en onthult haar naam: Nostrana. Samen met Monostatos observeren ze hun lokaas.
Tamino en Pamina bereiken het labyrint. Ondanks alle waarschuwingen van de twee bewakers, gaan ze naar binnen om hun zoon te redden.
Randa betreedt het labyrint vanaf de andere kant. Sarastro, die inmiddels uit het Oosten is teruggekeerd, arriveert, maar wordt niet herkend door Randa. De drie jongens, die ook aan de reis zijn begonnen, moeten net als de groep blijven: het labyrint heeft geen ingang aan deze kant. Ze proberen met kinderlijke goocheltrucs een doorgang te creëren. Na hun mislukte pogingen opent Sarastro een verborgen deur in de muur.
In het labyrint moeten de protagonisten de taak van de moderniteit beheersen: het onderbewustzijn komt naast het bewustzijn naar voren. Tamino en Pamina benaderen het labyrint nog steeds puur vanuit de rationele kant, de poortkant. Alleen Randa, als de geliefde, Sarastro, als de ingewijde meester, en de drie jongens in hun onschuld kunnen het labyrint vanuit de onbewuste kant betreden.
Labygord bevindt zich met Piktor in het midden van het labyrint. Omdat Nostrana tegen hem heeft gelogen, wil hij hem doden om hem te redden van een wreed lot. Hij gelooft dat hij de jongen van groot lijden bevrijdt en zingt Piktor de eeuwige slaap in.
Maar Randa dwaalt alleen door het labyrint om haar Piktor te vinden.
Tamino en Pamina bereiken doelbewust het centrum en ontmoeten Labygord, die treurig toekijkt naast hun dode zoon Piktor. Met behulp van de oude gereedschappen van De Toverfluit, de fluit en het klokkenspel, proberen ze hem te reanimeren, maar falen; op dit niveau zijn ze nutteloos.
Maar Randa leidt de drie jongens en de nog steeds onbekende Sarastro intuïtief naar het centrum. Randa stort zich op haar dode geliefde. Labygord herkent in Sarastro’s woorden dat hij bedrogen en misbruikt is.
Nu vraagt Sarastro Randa om hem te helpen Piktor te reanimeren; alleen samen, door hun kwaliteiten te combineren, kunnen ze hem weer tot leven wekken: Sarastro symboliseert wijsheid, de leraar en meester, traditie, het mannelijke principe. Randa symboliseert schoonheid, de metgezel, het heden, het vrouwelijke principe. Alleen vanuit beide principes groeit de kracht om het leven te beheersen, de toekomst ontluikt; alleen beide componenten samen kunnen Piktor doen ontwaken.
Piktor ontwaakt. Samen verlaten ze het centrum van het labyrint door de grote spiegel van zelfkennis.
De slotscène verenigt alle personages in het rijk van het licht. Nostrana, de Koningin van de Nacht, onthult haar motieven: zij is Sarastro’s voormalige vrouw, Pamina, hun dochter. De Koningin van de Nacht belichaamt de archaïsche moedergodin die leven geeft en neemt en de duisternis vertegenwoordigt. Sarastro veroordeelt de wandaden van Nostrana en Monostatos. Maar omdat de twee echt van elkaar houden, verzacht hij de straf: als een verstrengelde boom kunnen ze voor altijd verenigd blijven.
De slotscènes staan in het teken van de liefde: de opera eindigt met een reprise van het liefdesduet tussen Piktor en Randa en een koor.